Kopertis yang dimulai sejak tahun 1975 peran dan fungsinya sangat nampak berkembang dengan terbitnya SK Mendikbud No.062/O/1982,No.0135/O/1990 & SK Mendiknas No.184/U/2001, untuk melaksanakan pengawasan, pengendalian dan pembinaan, yang mengacu pada paradigma baru yaitu :

1. Kualitas yang berkelanjutan (substainable quality development). Kualitas tidak bersifat mutlak tetapi bersifat nisbi, sehingga harus berkelanjutan yang didukung oleh otonomi.
2. Otonomi perguruan tinggi seharusnya adalah otonomi yang bertanggungjawab kepada stakeholder termasuk masyarakat.
3. Akuntabilitas yaitu bertanggungjawab terhadap kinerja yang dilakukan pada
masyarakat. Untuk itu kinerja perguruan tinggi perlu dievaluasi dalam rangka pengendalian mutu sebagai bentuk akuntabilitas penyelenggara pendidikan.
4. Akreditasi yang merupakan penilaian terhadap kinerja suatu perguruan tinggi untuk menentukan kelayakannya. Penilaian ini dapat dilakukan oleh masyarakat dan pemerintah.
5. Evaluasi diri yang merupakan kegiatan untuk memdapatkan kualitas yang
berkelanjutan dan akuntabilitas. Kegiatan ini dilakukan dengan pengawasan oleh pemerintah.

   Seiring dengan terbitnya Undang - Undang No. 20 tahun 2003 tentang sistem pendidikan nasional, dan Higher Education Long Term Strategy 2003–2010 bahwa perlu ada perubahan paradigma peran lembaga tinggi yang lebih ditekankan kepada tiga strategi dasar yaitu daya saing bangsa, otonomi perguruan tinggi dan organisasi yang sehat.Keberadaan Kopertis pada dewasa ini diperlukan mengingat perkembangan PTS sangat pesat dengan jumlah 2.789 PTS dan tersebar diseluruh wilayah Indonesia sehingga pengawasan pengendalian dan pembinaannya tidak mungkin dilaksanakan langsung oleh DIKTI.
   Kopertis berfungsi mengkoordinasikan PTS agar dapat menyelenggarakan pendidikan tinggi secara akuntable dan berkualitas. Adapun tugas yang dilaksanakan dalam pengawasan, pengendalian, dan
pembinaan PTS meliputi :

1. Melaksanakan pemantauan dan pengawasan penyelenggaraan pendidikan di PTS
2. Melaksanakan evaluasi kinerja penyelenggaraan PTS
3. Melaksanakan klarifikasi dan verifikasi terhadap usulan pendirian PTS dan Program studi
4. Merencanakan, melaksanaan dan memonitor pemberian bantuan kepada PTS.
5. Mengembangkan system informasi manajemen akademik dan administratif di Kopertis.
6. Melaksanakan sosialisasi peraturan dan kebijakan Dirjen Dikti.
7. Mengolah dan menganalisis laporan evaluasi diri PTS.
8. Melegalisir foto copy ijasah lulusan PTS, yang ijasahnya ditandasahkan oleh Koordinator Kopertis dan PTS yang bersangkutan telah tutup.
9. Melaksanakan evaluasi terhadap perkembangan penyelenggaraan program studi dan melaporkannya kepada Dirjen Dikti.